Theo Điều 25 của Văn bản hợp nhất số 42/VBHN-BNNMT có quy định như sau: 

Hồ sơ đề nghị thẩm định, nghiệm thu được gửi về các cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu theo thẩm quyền quy định tại Điều 21 của Thông tư này. Thành phần hồ sơ gồm:

1. Văn bản đề nghị thẩm định, nghiệm thu.

2. Báo cáo thuyết minh tổng hợp kết quả dự án và báo cáo tóm tắt.

3. Các sản phẩm khác theo đề cương phê duyệt.

4. Các tài liệu khác kèm theo: đề cương dự án; các văn bản pháp lý liên quan đến việc chỉ đạo thực hiện, phê duyệt, điều chỉnh, bổ sung dự án; các văn bản, quyết định về giao, đặt hàng hoặc hợp đồng (nếu có); các văn bản phê duyệt, phê duyệt điều chỉnh dự toán hằng năm; các hồ sơ thi công, các biên bản thẩm định tại thực địa, biên bản kiểm tra (nếu có); hồ sơ nghiệm thu hằng năm, nghiệm thu các cấp (nếu có); các tư liệu, dữ liệu về ảnh chụp thực địa, các video, các sổ theo dõi và các tư liệu khác có liên quan.

Theo khoản 2 của Điều 24 của Văn bản hợp nhất số 42/VBHN-BNNMT có quy định như sau: 

2. Phương pháp thẩm định, nghiệm thu:

a) Công tác thẩm định kết quả hoạt động điều tra cơ bản tài nguyên nước có thể được thực hiện ở nội nghiệp, ngoại nghiệp hoặc cả hai tùy thuộc vào từng hạng mục cụ thể. Trong một số trường hợp phải thực hiện lại nội dung công việc của quá trình thực hiện để so sánh, đối chiếu, đánh giá chất lượng sản phẩm so với tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật, quy định kỹ thuật và nội dung dự án đã được phê duyệt;

b) Trong quá trình thẩm định kết quả được phép sử dụng thiết bị, công nghệ; các mô hình toán, diễn toán; các tư liệu, dữ liệu về ảnh chụp thực địa, các video, các sổ theo dõi và các tư liệu khác có liên quan;

c) Tùy thuộc vào quy trình công nghệ, loại hình sản phẩm, phần mềm sử dụng trong thi công, việc thẩm định có thể được thực hiện bằng phương pháp tự động, bán tự động hoặc thủ công để đảm bảo việc đánh giá chất lượng sản phẩm được khách quan, đầy đủ, chính xác;

d) Việc khảo sát, xác minh tại thực địa được thực hiện khi các thông tin, số liệu chưa rõ ràng, mâu thuẫn.

Theo khoản 1 của Điều 24 của Văn bản hợp nhất số 42/VBHN-BNNMT có quy định như sau: 

1. Nội dung thẩm định, nghiệm thu:

a) Theo đề cương dự án được cấp có thẩm quyền phê duyệt;

b) Mức độ đầy đủ, độ tin cậy của các thông tin, số liệu, tài liệu thu thập, điều tra, khảo sát; việc thực hiện các kết quả, sản phẩm dự án tuân thủ các quy định kỹ thuật, tiêu chuẩn, quy chuẩn và các văn bản quy phạm pháp luật khác có liên quan;

c) Nội dung khảo sát, xác minh tại thực địa: đối chiếu, so sánh, kiểm chứng thông tin, khối lượng, phương pháp, kết quả thực hiện giữa sổ sách ghi chép, báo cáo thi công và thực tế thẩm định tại hiện trường với dự án được cấp có thẩm quyền phê duyệt.

Căn cứ Điều 23 của Văn bản hợp nhất số 42/VBHN-BNNMT có quy định như sau: 

1. Tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ thẩm định, nghiệm thu:

Cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu quy định tại Điều 21 của Thông tư này tiếp nhận, kiểm tra tính đầy đủ, hợp lệ về thành phần của hồ sơ đề nghị thẩm định, nghiệm thu. Thành phần hồ sơ đề nghị thẩm định, nghiệm thu theo quy định tại Điều 25 của Thông tư này.

Trường hợp hồ sơ không đầy đủ, không hợp lệ, cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu ra văn bản yêu cầu bổ sung hồ sơ và thông báo rõ lý do cho cơ quan chủ trì thực hiện dự án để bổ sung, hoàn thiện. Trường hợp hồ sơ đầy đủ, hợp lệ, cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu tiến hành thẩm định, nghiệm thu theo khoản 2, khoản 3, khoản 4 và khoản 5 Điều này.

2. Tiến hành thẩm định, nghiệm thu:

a) Đối với hình thức thành lập hội đồng thẩm định, nghiệm thu theo quy định tại khoản 1 Điều 22 của Thông tư này, cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu ra quyết định thành lập hội đồng thẩm định, nghiệm thu theo Mẫu số 12 ban hành kèm theo Thông tư này.

Thành phần hội đồng thẩm định, nghiệm thu bao gồm: Chủ tịch hội đồng, Phó chủ tịch hội đồng, Thư ký và một số thành viên thuộc các đơn vị chức năng có liên quan, chuyên gia có chuyên môn phù hợp (nếu cần).

Tổ chức họp hội đồng thẩm định, nghiệm thu: chỉ thực hiện khi có mặt ít nhất 2/3 (hai phần ba) số ủy viên hội đồng, trong số đó có Chủ tịch hội đồng hoặc Phó Chủ tịch hội đồng và ít nhất 01 (một) ủy viên phản biện. Các thành viên hội đồng cho ý kiến thẩm định, nghiệm thu theo Mẫu số 13 ban hành kèm theo Thông tư này.

Việc tổ chức họp hội đồng thẩm định, nghiệm thu được thực hiện theo hình thức trực tiếp, trực tuyến hoặc kết hợp trực tiếp và trực tuyến. Kết thúc hội đồng thẩm định, nghiệm thu phải lập biên bản theo Mẫu số 14 ban hành kèm theo Thông tư này. Cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu có văn bản yêu cầu cơ quan chủ trì thực hiện dự án để bổ sung, hoàn thiện hồ sơ theo biên bản hội đồng thẩm định, nghiệm thu;

b) Đối với hình thức thẩm định, nghiệm thu theo quy định tại khoản 2 Điều 22 của Thông tư này, đơn vị được giao thẩm định tiến hành thẩm định theo các nội dung quy định tại điểm a, điểm b khoản 1 Điều 24 của Thông tư này và gửi báo cáo kết quả thẩm định theo Mẫu số 15 ban hành kèm theo Thông tư này đến cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu để xem xét nghiệm thu kết quả thực hiện dự án điều tra cơ bản tài nguyên nước.

Cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu có văn bản yêu cầu cơ quan chủ trì thực hiện dự án bổ sung, hoàn thiện hồ sơ theo báo cáo kết quả thẩm định của đơn vị được giao thẩm định;

c) Đối với hình thức thẩm định, nghiệm thu theo quy định tại khoản 3 Điều 22 của Thông tư này, cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu tổng hợp ý kiến thẩm định của các cơ quan, đơn vị chuyên môn và các chuyên gia có liên quan, gửi cơ quan chủ trì thực hiện dự án để bổ sung, hoàn thiện hồ sơ;

d) Trong quá trình tiến hành thẩm định, nghiệm thu (nếu cần), cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu lấy ý kiến Sở Tài nguyên và Môi trường nơi có dự án đối với dự án do Bộ Tài nguyên và Môi trường tổ chức thực hiện; lấy ý kiến Cục Quản lý tài nguyên nước đối với các dự án do Ủy ban dân nhân cấp tỉnh tổ chức thực hiện.

3. Cơ quan thực hiện dự án bổ sung, hoàn thiện hồ sơ theo quy định tại khoản 2 Điều này, gửi cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu để rà soát, nghiệm thu dự án.

Trường hợp hồ sơ chưa bổ sung, hoàn thiện, đảm bảo theo ý kiến thẩm định thì cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu gửi văn bản yêu cầu cơ quan chủ trì thực hiện dự án tiếp tục bổ sung, hoàn thiện hồ sơ.

Trường hợp hồ sơ đủ điều kiện để nghiệm thu kết quả, cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu ban hành biên bản theo Mẫu số 16 ban hành kèm Thông tư này.

4. Cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu dự án gửi hồ sơ kết quả thẩm định, nghiệm thu đến cơ quan tổ chức thực hiện dự án điều tra cơ bản tài nguyên nước để chỉ đạo việc thẩm định, phê duyệt kết quả và quyết toán dự án hoàn thành, cơ quan chủ trì thực hiện dự án để thực hiện. Hồ sơ kết quả thẩm định, nghiệm thu bao gồm:

a) Quyết định thành lập hội đồng thẩm định, nghiệm thu hoặc văn bản giao nhiệm vụ thẩm định cho đơn vị trực thuộc hoặc hợp đồng thuê đơn vị tư vấn thẩm định theo quy định của pháp luật;

b) Biên bản họp hội đồng thẩm định hoặc báo cáo thẩm định của đơn vị được giao thẩm định hoặc bảng tổng hợp ý kiến thẩm định của các cơ quan, đơn vị chuyên môn và các chuyên gia có liên quan;

c) Biên bản nghiệm thu kết quả dự án giữa cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu và cơ quan chủ trì thực hiện dự án;

d) Các tài liệu khác có liên quan (nếu có).

5. Khảo sát, xác minh tại thực địa

Trong quá trình thẩm định, các thông tin, số liệu chưa rõ ràng, mâu thuẫn, cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu tổ chức khảo sát, xác minh thông tin, số liệu tại thực địa và được thực hiện như sau:

a) Cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu dự án ban hành quyết định thành lập đoàn khảo sát, xác minh tại thực địa.

Quyết định thành lập đoàn bao gồm: thành phần đoàn, nội dung, thời gian, địa điểm khảo sát. Thành phần đoàn bao gồm: đại diện cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu; đại diện thành viên hội đồng thẩm định, nghiệm thu đối với trường hợp quy định tại khoản 1 Điều 22 hoặc đại diện đơn vị được giao thẩm định đối với trường hợp quy định tại khoản 2 Điều 22 hoặc đại diện các đơn vị chuyên môn, chuyên gia đối với trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 22 của Thông tư này; đại diện cơ quan chủ trì thực hiện dự án và các thành viên khác do cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu quyết định;

b) Tiến hành khảo sát, xác minh tại thực địa theo các nội dung quy định tại điểm c khoản 1 Điều 24 của Thông tư này;

c) Kết thúc quá trình khảo sát, xác minh tại thực địa, lập biên bản theo Mẫu số 17 ban hành kèm theo Thông tư này.

6. Trên cơ sở hồ sơ đề nghị thẩm định, nghiệm thu kết quả dự án, cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu quyết định thời gian thẩm định, nghiệm thu phải đảm bảo phù hợp với quy mô, tính chất dự án, với kế hoạch dự toán và tiến độ nghiệm thu quyết toán dự án theo quy định.

Căn cứ Điều 22 của Văn bản hợp nhất số 42/VBHN-BNNMT có quy định như sau: 

Cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu quyết định lựa chọn một trong các
hình thức thẩm định, nghiệm thu sau đây:

1. Hội đồng thẩm định, nghiệm thu.

2. Giao nhiệm vụ thẩm định cho cơ quan trực thuộc hoặc thuê đơn vị tư vấn
thẩm định theo quy định của pháp luật (sau đây gọi tắt là đơn vị được giao thẩm
định) và nghiệm thu kết quả thực hiện.

3. Lấy ý kiến thẩm định các cơ quan, đơn vị chuyên môn, các chuyên gia
có liên quan và nghiệm thu kết quả thực hiện.

Theo khoản 4 của Điều 21 của Văn bản hợp nhất số 42/VBHN-BNNMT có quy định như sau: 

4. Trách nhiệm của cơ quan chủ trì thực hiện dự án:

a) Nộp hồ sơ đề nghị thẩm định, nghiệm thu đến cơ quan được giao tổ chức thẩm định, nghiệm thu;

b) Cung cấp thông tin về kế hoạch triển khai thực hiện dự án để cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu theo dõi trong quá trình thực hiện dự án phục vụ công tác thẩm định, nghiệm thu kết quả thực hiện dự án; bổ sung thông tin, tài liệu khi có yêu cầu của cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu;

c) Chịu trách nhiệm về thông tin, số liệu, kết quả thực hiện dự án;

d) Tiếp thu, giải trình theo yêu cầu của cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu;

đ) Phối hợp với cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu, đơn vị được giao thẩm định trong quá trình thẩm định, nghiệm thu;

e) Nộp lưu trữ, cập nhật kết quả thực hiện dự án vào Hệ thống thông tin, cơ sở dữ liệu tài nguyên nước quốc gia;

g) Thực hiện trách nhiệm khác theo quy định.

Theo khoản 1,2,3 của Điều 21 của Văn bản hợp nhất số 42/VBHN-BNNMT có quy định như sau: 

1. Bộ Tài nguyên và Môi trường giao Cục Quản lý tài nguyên nước tổ chức thực hiện thẩm định, nghiệm thu kết quả thực hiện các dự án quy định tại Điều 20 của Thông tư này do Bộ Tài nguyên và Môi trường tổ chức thực hiện.

2. Ủy ban nhân dân cấp tỉnh giao Sở Tài nguyên và Môi trường tổ chức thực hiện thẩm định, nghiệm thu kết quả thực hiện các dự án quy định tại Điều 20 của Thông tư này do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh tổ chức thực hiện.

3. Cơ quan được giao tổ chức thẩm định, nghiệm thu quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều này (sau đây gọi tắt là cơ quan tổ chức thẩm định, nghiệm thu) có trách nhiệm thẩm định, nghiệm thu kết quả thực hiện dự án điều tra bản tài nguyên nước đảm bảo nguyên tắc theo quy định tại khoản 3 Điều 19 của Thông tư này và trách nhiệm sau đây:

a) Quyết định lựa chọn hình thức thẩm định, nghiệm thu theo quy định tại Điều 22 của Thông tư này;

b) Tiếp nhận hồ sơ thẩm định, nghiệm thu;

c) Tổ chức thực hiện thẩm định, nghiệm thu theo các nội dung quy định tại Điều 24 của Thông tư này;

d) Theo dõi quá trình thực hiện dự án và tổ chức khảo sát, xác minh tại thực địa (nếu cần) phục vụ việc thẩm định, nghiệm thu kết quả;

đ) Gửi báo cáo kết quả thẩm định, nghiệm thu cho cơ quan phê duyệt kết quả và quyết toán dự án hoàn thành và cơ quan chủ trì thực hiện dự án;

e) Thực hiện trách nhiệm khác theo quy định.

Theo Điều 20 của Văn bản hợp nhất số 42/VBHN-BNNMT có quy định như sau: 

1. Kết quả thực hiện dự án điều tra cơ bản tài nguyên nước quy định tại khoản 3 Điều 9 của Luật Tài nguyên nước sử dụng nguồn ngân sách nhà nước do Bộ Tài nguyên và Môi trường hoặc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh tổ chức thực hiện.

2. Kết quả thực hiện nội dung điều tra cơ bản tài nguyên nước trong các dự án khác có liên quan sử dụng nguồn ngân sách nhà nước do Bộ Tài nguyên và Môi trường hoặc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh tổ chức thực hiện.

Theo quy định Nghi định số 136/2025/NĐ-CP ngày 12/6/2025 quy định phân quyền, phân cấp trong lĩnh vực nông nghiệp và môi trường, trong đó khoản 2 Điều 63 quy định chuyển tiếp như sau: 

“Văn bản, giấy phép, giấy chứng nhận là kết quả giải quyết thủ tục hành chính đã được cơ quan, người có thẩm quyền phân quyền, phân cấp ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành và chưa hết hiệu lực hoặc chưa hết thời hạn thì tiếp tục được áp dụng, sử dụng theo thời hạn ghi trên văn bản, giấy phép, giấy chứng nhận đó cho đến khi hết thời hạn.

Trường hợp tổ chức, cá nhân có nhu cầu được sửa đổi, bổ sung, cấp lại văn bản, giấy phép, giấy chứng nhận thì gửi văn bản đề nghị đến cơ quan, người có thẩm quyền được phân quyền, phân cấp tại Nghị định này giải quyết.”

Theo quy định nêu trên thì chủ giấy phép tiếp tục thực hiện giấy phép Bộ đã cấp cho đến hết thời hạn của giấy phép. Trường hợp có nhu cầu điều chỉnh, cấp lại thì gửi hồ sơ đến cơ quan có thẩm quyền được phân quyền, phân cấp tại Nghi định số 136/2025/NĐ-CP để giải quyết. Khi hết thời hạn của giấy phép thì tổ chức, cá nhân có nhu cầu tiếp tục khai thác nước thì thực hiện nộp hồ sơ đề nghị cấp mới giấy phép khai thác tài nguyên nước đến cơ quan có thẩm quyền được phân quyền, phân cấp tại Nghi định số 136/2025/NĐ-CP để giải quyết.

Hiện nay, Bộ Nông nghiệp và Môi trường đang rà soát sửa đổi Luật tài nguyên nước và các Nghị định hướng dẫn Luật (dự kiến có hiệu lực vào tháng 1/2026), trong đó để tạo điều kiện thuận lợi, giảm bớt thủ tục hành chính cho tổ chức, cá nhân, tại dự thảo Nghị định sửa đổi Nghị định số 54/NĐ-CP quy định bổ sung trường hợp: tổ chức, cá nhân đã được cấp giấy phép tài nguyên nước trước ngày 01 tháng 7 năm 2025 mà có sự thay đổi về thẩm quyền cấp phép được tiếp tục thực hiện đến hết thời hạn ghi trong giấy phép. Trường hợp có nhu cầu cấp, gia hạn, điều chỉnh, cấp lại giấy phép hành nghề khoan nước dưới đất, giấy phép thăm dò nước dưới đất, giấy phép khai thác tài nguyên nước thì thực hiện nộp hồ sơ đề nghị cấp, điều chỉnh, cấp lại gửi đến cấp có thẩm quyền được phân cấp tổ chức thẩm định theo quy định.